Nejdříve je nutné provést vstupní vyšetření (lékařský vstupní záznam, otisky pro studijní modely, fotografickou dokumentaci a rentgenová vyšetření). Poté lékař stanoví léčebný plán a rozhodne zda technika Invisalign je vhodná pro danou vadu či nikoliv. Jestliže ano, zhotoví se v další návštěvě speciální otisky na neviditelná rovnátka, které se s kompletní dokumentací odesílají do USA. Zde se daná data zpracují a vyhotoví se tzv. ClinCheck ( viz video sekvence ), což je animační podoba posunu zubů u daného pacienta. ClinCheck je odeslán ošetřujícímu lékaři, který ho může ukázat pacientovi a případně i několikrát modifikovat. Jestliže je lékař s animační podobou léčby spokojen, potvrdí tuto variantu a výroba Invisalign může začít. Proces od otisků k dodání folií pro začátek léčby trvá většinou 5 týdnů. Při odevzdání první fólie se na zuby umísťují tzv. attachmenty. Malé průsvitné kapičky z výplňové hmoty usnadňují ortodontický posun zubu a zlepšují upevnění folie v ústech.
Protože je často nutné k vyrovnávání zubů v čelistech tvořit místo, zcela běžně se zuby tvarově upravují. Tato metoda se nazývá strippingem zubů. Provádí se speciálními nástroji, které jsou schopné odstranit jen malé množství skloviny zubů a to bez jejího poškození.
Další návštěvy je možné uskutečnit v intervalu 2 měsíců. Během léčby si sami měníte jednotlivé fólie ve 14-denních intervalech. Často se pracuje s mezičelistním působením speciálních gumiček, které upravují vzájemný skus zubů. Nejběžnější léčené vady jsou naprogramované na 25 až 30 folií. Délka léčby je srovnatelná s fixními rovnátky. Určité pohyby jsou dokonce rychlejší. Invisalign stále ještě není vhodný pro případy výrazného stěsnání , kdy se musí některý ze zubů nechat vytrhnout.
Na konci léčby se ve většině případů umístí na jazykovou stranu zubů fixní retainer, drátek zajišťující stabilitu výsledku léčby. Dále se v naší laboratoři vyrobí tzv. retenční fólie, kterou pacient nosí na noc, taktéž pro zachování stability výsledku.